Theo quy định tại khoản 4 Điều 6 Thông tư sổ 68/2019/TT-BTC Hướng dẫn việc cấp và khai xác định nghĩa vụ thuế khi cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh. Thì có 2 loại hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh, đó là: hóa đơn điện tử bán hàng và hóa đơn điện tử giá trị gia tăng.
I. Các trường hợp sử dụng hóa đơn điện từ có mã theo từng lần phát sinh:
1. Cấp hóa đơn điện tử giá trị gia tăng
Có 2 trường hợp cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh là hóa đơn giá trị gia tăng, đó là:
- Trường hợp 1: Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác thuộc diện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuộc các trường hợp sau:
+ Ngừng hoạt động kinh doanh nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế có phát sinh thanh lý tài sản cần có hóa đơn để giao cho người mua;
+ Tạm ngừng hoạt động kinh doanh cần có hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày cơ quan thuế thông báo tạm ngừng kinh doanh;
+ Bị cơ quan thuế cưỡng chế bằng biện pháp thông báo không được sử dụng hóa đơn hóa đơn điện tử;
- Trường hợp 2: Tổ chức, cơ quan nhà nước không thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có bán đấu giá tài sản, trường hợp giá trúng đấu giá là giá bán đã có thuế giá trị gia tăng được công bố rõ trong hồ sơ bán đấu giá do cơ quan có thẩm quyền phê duyệt thì được cấp hóa đơn giá trị gia tăng để giao cho người mua.
2. Cấp hóa đơn điện tử bán hàng:
Có 4 trường hợp cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh là hóa đơn bán hàng, đó là:
- Trường hợp 1: Hộ, cá nhân kinh doanh theo quy định tại Khoản 6 Điều 12 Nghị định số 119/2018/NĐ-CP.
Chi tiết đó là: "Hộ, cá nhân kinh doanh không đáp ứng điều kiện phải sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế tại khoản 4 Điều này nhưng cần có hóa đơn để giao cho khách hàng hoặc trường hợp doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác được cơ quan thuế chấp nhận cấp hóa đơn điện tử để giao cho khách hàng thì được cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh và phải khai, nộp thuế trước khi cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh theo Mẫu số 06 theo Nghị định 119/2018/NĐ-CP"
- Trường hợp 2: Tổ chức không kinh doanh nhưng có phát sinh giao dịch bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.
- Trường hợp 3: Doanh nghiệp sau khi đã giải thể, phá sản, đã chấm dứt hiệu lực mã số thuế có phát sinh thanh lý tài sản cần có hóa đơn để giao cho người mua.
- Trường hợp 4: Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, hộ, cá nhân kinh doanh thuộc diện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp thuộc các trường hợp sau:
+ Ngừng hoạt động kinh doanh nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế có phát sinh thanh lý tài sản cần có hóa đơn để giao cho người mua;
+ Tạm ngừng hoạt động kinh doanh cần có hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày cơ quan thuế thông báo tạm ngừng kinh doanh;
+ Bị cơ quan thuế cưỡng chế bằng biện pháp thông báo không được sử dụng hóa đơn điện tử.
II. Hồ sơ - Thủ tục cấp hóa đơn điện từ có mã theo từng lần phát sinh:
Bước 1: Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh thuộc trường hợp được cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh gửi đơn đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo Mẫu số 06 Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 119/2018/NĐ-CP đến cơ quan thuế
Bước 2: Phải khai, nộp thuế đầy đủ theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng, thu nhập cá nhân, thu nhập doanh nghiệp
và các loại thuế, phí khác (nếu có) trước khi được cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế. 
Bước 3: Truy cập vào hệ thống lập hóa đơn điện tử của cơ quan thuế để lập hóa đơn điện tử.
=> Sau khi doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân đã khai, nộp thuế đầy đủ theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng, thu nhập cá nhân, thu nhập doanh nghiệp và các loại thuế, phí khác (nếu có), cơ quan thuế cấp mã của cơ quan thuế trên hóa đơn điện tử do doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân lập.
Doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của các thông tin trên hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh được cơ quan thuế cấp mã
Theo điểm b, khoản 4 Điều 6 Thông tư sổ 68/2019/TT-BTC
III. Các xác định cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh.
1) Đối với tổ chức, doanh nghiệp: Cơ quan thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức, doanh nghiệp đăng ký mã số thuế hoặc nơi tổ chức đóng trụ sở hoặc nơi được ghi trong quyết định thành lập hoặc nơi phát sinh việc bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.
2) Đối với hộ, cá nhân kinh doanh:
- Đối với hộ, cá nhân kinh doanh có địa điểm kinh doanh cố định: Hộ, cá nhân kinh doanh nộp hồ sơ đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh tại Chi cục Thuế quản lý nơi hộ, cá nhân kinh doanh tiến hành hoạt động kinh doanh.
- Đối với hộ, cá nhân kinh doanh không có địa điểm kinh doanh cố định: Hộ, cá nhân kinh doanh nộp hồ sơ đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh tại Chi cục Thuế nơi cá nhân cư trú hoặc nơi hộ, cá nhân đăng ký kinh doanh.
Theo điểm c, khoản 4 Điều 6 Thông tư sổ 68/2019/TT-BTC
