Ví dụ 59: Doanh nghiệp Y đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến các sản phẩm từ sữa tươi sống (sữa tươi tiệt trùng, sữa chua, pho mát,...). Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu chăn nuôi, kể cả trường hợp thuê gia công chăn nuôi mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ con giống (bò, dê), chuồng, trại, hàng rào, trang thiết bị vắt sữa, hệ thống vệ sinh chuồng, trại và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến thành các sản phẩm từ sữa. Doanh nghiệp Y được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
b) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế GTGT so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Ví dụ 60: Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
c) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
Ví dụ 61: Doanh nghiệp Z thành lập mới từ dự án đầu tư vào lĩnh vực vận tải. Phương án sản xuất kinh doanh theo dự án đầu tư của doanh nghiệp có doanh thu từ vận chuyển hành khách công cộng bằng xe buýt và không bằng xe buýt, từ bán quảng cáo và dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng phương tiện vận tải; trong đó doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt chiếm tỷ trọng 30% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản mua sắm phương tiện, xây dựng trạm chờ, nhà xưởng kéo dài trong 02 năm từ tháng 6/2014 đến tháng 5/2016. Trong thời gian 02 năm này, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản và của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc thành lập doanh nghiệp (chi phí thành lập doanh nghiệp) được tạm khấu trừ theo tỷ lệ 70% và được hoàn thuế theo quy định (Riêng thuế GTGT của tài sản cố định là xe ô tô đăng ký sử dụng làm xe buýt công cộng không khấu trừ). Doanh nghiệp đi vào hoạt động có doanh thu từ tháng 6/2016. Đến hết tháng 5/2019, tỷ trọng doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt trong thời gian 03 năm từ tháng 6 năm 2016 chiếm 35% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra thì doanh nghiệp kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định đã được khấu trừ, hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ 5% (= 70% - 65%) và tính nộp số điều chỉnh giảm khấu trừ, hoàn thuế này vào số thuế GTGT của kỳ khai thuế tháng 5/2019. Doanh nghiệp không bị xử phạt chậm nộp và không bị tính lãi chậm nộp đối với số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định được khấu trừ phải điều chỉnh giảm.
5. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa (kể cả hàng hóa mua ngoài hoặc hàng hóa do doanh nghiệp tự sản xuất) mà doanh nghiệp sử dụng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức, phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì được khấu trừ.
6. Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế.
7. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư này không được khấu trừ, trừ các trường hợp sau:
a) Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hướng dẫn tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ;
b) Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.
8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
9. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
10. Văn phòng Tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp hoạt động kinh doanh và các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc như: Bệnh viện, Trạm xá, Nhà nghỉ điều dưỡng, Viện, Trường đào tạo... không phải là người nộp thuế GTGT thì không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động của các đơn vị này.
Trường hợp các đơn vị này có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì phải đăng ký, kê khai nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động này.
Ví dụ 62: Văn phòng Tổng công ty A không trực tiếp sản xuất, kinh doanh, sử dụng kinh phí do các cơ sở trực thuộc đóng góp để hoạt động nhưng Văn phòng Tổng công ty có cho thuê nhà (văn phòng) phần không sử dụng hết thì Văn phòng Tổng công ty phải hạch toán, kê khai nộp thuế riêng cho hoạt động cho thuê văn phòng. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Văn phòng Tổng công ty không được khấu trừ hay hoàn thuế.
11. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ không kê khai, tính nộp thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 5 Thông tư này (trừ khoản 2, khoản 3 Điều 5) được khấu trừ toàn bộ.
12. Cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dưới hình thức ủy quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền bao gồm các trường hợp sau đây:
a) Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản; chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn GTGT ghi tên người tham gia bảo hiểm, doanh nghiệp bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì doanh nghiệp bảo hiểm được kê khai khấu trừ thuế GTGT tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn GTGT đứng tên người tham gia bảo hiểm; trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do doanh nghiệp bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.
b) Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp, mua sắm hàng hóa, vật tư thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên.
13. Trường hợp cá nhân, tổ chức không kinh doanh có góp vốn bằng tài sản vào công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần thì chứng từ đối với tài sản góp vốn là biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản. Trường hợp tài sản góp vốn là tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hóa đơn hợp pháp được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì trị giá vốn góp được xác định theo trị giá ghi trên hóa đơn bao gồm cả thuế GTGT; Bên nhận vốn góp được kê khai khấu trừ thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua tài sản của bên góp vốn.
14. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ kỳ đầu tiên kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế.
Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng được tính số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn theo hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư này và theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.
Ví dụ 63: Công ty TNHH A đang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong năm 2014, năm 2015 và không đủ điều kiện để áp dụng phương pháp khấu trừ thuế từ ngày 1/1/2016. Công ty TNHH A đã có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế từ kỳ tính thuế tháng 11/2014 đến hết kỳ tính thuế tháng 10/2015 (kết thúc thời điểm xác định doanh thu để xác định phương pháp tính thuế của năm 2016 và năm 2017), số thuế đề nghị hoàn là 350 triệu đồng và trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 11/2015, Công ty TNHH A có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ là 50 triệu đồng. Công ty TNHH A được cơ quan thuế xem xét giải quyết hoàn thuế theo quy định đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã gửi cơ quan thuế (số thuế đề nghị hoàn là 350 triệu đồng); số thuế đầu vào chưa được khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 11/2015 là 50 triệu đồng được tiếp tục kết chuyển sang kỳ tính thuế tháng 12/2015. Trường hợp tại Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 12/2015, Công ty còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
15. Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp:
- Hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hóa đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT);
- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán;
- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua (trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 12 Điều này);
- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo);
- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.
16. Các trường hợp đặc thù khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.
