Hướng dẫn cách xác định phương pháp kê khai tính thuế GTGT khấu trừ hay trực tiếp theo quy định tại thông tư 219/2013/TT-BTC được sửa đổi bởi Thông tư 119/2014/TT-BTC và Thông tư 93/2017/TT-BTC.
Có 2 phương pháp kê khai tính thuế GTGT đó là khấu trừ và trực tiếp:
* Phương pháp khấu trừ:
- Dành cho các doanh nghiệp đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ 1 tỷ đồng trở lên
- Dành cho các doanh nghiệp đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng nhưng đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.
* Phương pháp trự tiếp:
- Dành cho các doanh nghiệp đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng (nhưng không đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ)
* Đối với doanh nghiệp mới thành lập thì có thể lựa chọn:
+ Nếu muốn áp dụng kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì làm và nộp tờ khai thuế GTGT theo Mẫu số 01/GTGT
+ Nếu muốn áp dụng kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì làm và nộp tờ khai thuế GTGT Mẫu số 04/GTGT
* Chu kỳ áp dụng: 2 năm (cứ 2 năm xác định lại 1 lần)
Chi tiết cụ thể như sau:
I. Đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:
Theo điều 12 của Thông tư số 219/2013/TT-BTC được sửa đổi bởi Thông tư 119/2014/TT-BTC và Thông tư 93/2017/TT-BTC thì:
1. Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ bao gồm:
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư 219/2013/TT-BTC;
b) Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư 219/2013/TT-BTC;
c) Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu, khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai khấu trừ nộp thay.
2. Doanh thu hàng năm từ một tỷ đồng trở lên làm căn cứ xác định cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ theo hướng dẫn tại điểm a khoản 1 Điều này là doanh thu bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT và được xác định như sau:
a) Doanh thu hàng năm do cơ sở kinh doanh tự xác định căn cứ vào tổng cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT" trên Tờ khai thuế GTGT tháng của kỳ tính thuế từ tháng 11 năm trước đến hết kỳ tính thuế tháng 10 năm hiện tại trước năm xác định phương pháp tính thuế GTGT hoặc trên Tờ khai thuế GTGT quý của kỳ tính thuế từ quý 4 năm trước đến hết kỳ tính thuế quý 3 năm hiện tại trước năm xác định phương pháp tính thuế GTGT. Thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế là 2 năm liên tục.
Ví dụ 1: Doanh nghiệp A được thành lập từ năm 2020 và đang kê khai thuế GTGT theo tháng trong năm 2022 và 2023. Để xác định phương pháp tính thuế GTGT cho năm 2024 và năm 2025, doanh nghiệp A xác định mức doanh thu như sau:
Cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT” trên Tờ khai thuế GTGT hàng tháng trong 12 tháng (từ kỳ tính thuế tháng 11/2022 đến hết kỳ tính thuế tháng 10/2023).
+ Trường hợp tổng doanh thu theo cách xác định trên từ 1 tỷ đồng trở lên, doanh nghiệp A áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong 2 năm (năm 2024 và năm 20253).
+ Trường hợp tổng doanh thu theo cách xác định trên chưa đến 1 tỷ đồng, doanh nghiệp A chuyển sang áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo quy định tại Điều 13 Thông tư này trong 2 năm (năm 2024 và năm 2025), trừ trường hợp doanh nghiệp A đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Ví dụ 2: Công ty Kế Toán Thiên Ưng thành lập từ năm 2013 và đang kê khai theo quý trong năm 2022 và 2023.
Để xác định phương pháp tính thuế GTGT cho năm 2024 và năm 2025, Công ty Kế Toán Thiên Ưng xác định mức doanh thu như sau:
Cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT” trên Tờ khai thuế GTGT quý của kỳ tính thuế từ quý 4 năm 2022 đến hết kỳ tính thuế quý 3 năm 2023
+ Trường hợp tổng doanh thu theo cách xác định trên từ 1 tỷ đồng trở lên, Công ty Kế Toán Thiên Ưng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong 2 năm (năm 2024 và năm 2025).
+ Trường hợp tổng doanh thu theo cách xác định trên chưa đến 1 tỷ đồng, Công ty Kế Toán Thiên Ưng chuyển sang áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo quy định tại Điều 13 Thông tư này trong 2 năm (năm 2024 và năm 2025), trừ trường hợp Công ty Kế Toán Thiên Ưng đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
b) Đối với cơ sở kinh doanh tạm nghỉ kinh doanh trong cả năm thì xác định theo doanh thu của năm trước năm tạm nghỉ kinh doanh.
Đối với cơ sở kinh doanh tạm nghỉ kinh doanh một thời gian trong năm thì xác định doanh thu theo số tháng, quý thực kinh doanh theo hướng dẫn tại điểm b khoản này.
Trường hợp năm trước năm tạm nghỉ kinh doanh cơ sở kinh doanh kinh doanh không đủ 12 tháng thì xác định doanh thu theo số tháng, quý thực kinh doanh như sau:
Tổng cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT” trên Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế các tháng hoạt động sản xuất kinh doanh chia (:) số tháng hoạt động sản xuất kinh doanh và nhân với (x) 12 tháng.
+ Trường hợp theo cách xác định như trên, doanh thu ước tính từ 1 tỷ đồng trở lên thì doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
+ Trường hợp doanh thu ước tính theo cách xác định trên chưa đến 1 tỷ đồng thì doanh nghiệp áp dụng phương pháp tính trực tiếp trong hai năm, trừ trường hợp doanh nghiệp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Ví dụ: Doanh nghiệp B tạm ngừng kinh doanh và bắt đầu hoạt động trở lại từ tháng 3/2023. Để xác định phương pháp tính thuế cho năm 2024, 2025, doanh nghiệp B thực hiện tính doanh thu ước tính như sau:
Lấy chỉ tiêu tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế các tháng 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 chia (:) 9 tháng, sau đó nhân với (x) 12 tháng.
+ Trường hợp kết quả xác định được từ 1 tỷ đồng trở lên thì doanh nghiệp B áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
+ Trường hợp doanh thu ước tính theo cách xác định trên chưa đến 1 tỷ đồng thì doanh nghiệp B áp dụng phương pháp tính trực tiếp trong hai năm 2024, 2025, trừ trường hợp doanh nghiệp B đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
3. Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm:
a) Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hằng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ.
b) Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.
+ Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư theo dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
+ Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh.
d) Tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ.
đ) Tổ chức kinh tế khác hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra không bao gồm doanh nghiệp, hợp tác xã.
Phương pháp tính thuế của cơ sở kinh doanh xác định theo Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng hướng dẫn tại Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 1 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính).
4. Các trường hợp khác:
a) Trường hợp cơ sở kinh doanh có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng hoạt động này để nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này.
b) Đối với doanh nghiệp đang nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có thành lập chi nhánh (bao gồm cả chi nhánh được thành lập từ dự án đầu tư của doanh nghiệp), nếu chi nhánh thuộc trường hợp khai thuế GTGT riêng theo quy định của pháp luật về quản lý thuế thì xác định phương pháp tính thuế của Chi nhánh theo phương pháp tính thuế của doanh nghiệp đang hoạt động. Trường hợp chi nhánh không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu hoặc chi nhánh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố cùng nơi doanh nghiệp có trụ sở chính nhưng không thực hiện kê khai riêng thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của doanh nghiệp.
c) Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập khác không thuộc các trường hợp hướng dẫn tại khoản 3 Điều này thì áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư 219.
5. Xác định số thuế GTGT phải nộp:
Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra - Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
Chi tiết hơn về cách tính thuế GTGT các bạn xem tại đây:
6. Kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ:
II. Đối tượng áp dụng phương pháp trực tiếp trên GTGT:
Theo điều 13 Thông tư số 219/2013/TT-BTC được sửa đổi bởi Thông tư 119/2014/TT-BTC thì:
1. Số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng giá trị gia tăng nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng áp dụng đối với hoạt động mua, bán, chế tác vàng bạc, đá quý.
Giá trị gia tăng của vàng, bạc, đá quý được xác định bằng giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra trừ (-) giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào tương ứng.
Giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra là giá thực tế bán ghi trên hoá đơn bán vàng, bạc, đá quý, bao gồm cả tiền công chế tác (nếu có), thuế giá trị gia tăng và các khoản phụ thu, phí thu thêm mà bên bán được hưởng.
Giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào được xác định bằng giá trị vàng, bạc, đá quý mua vào hoặc nhập khẩu, đã có thuế GTGT dùng cho mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý bán ra tương ứng.
Trường hợp trong kỳ tính thuế phát sinh giá trị gia tăng âm (-) của vàng, bạc, đá quý thì được tính bù trừ vào giá trị gia tăng dương (+) của vàng, bạc, đá quý. Trường hợp không có phát sinh giá trị gia tăng dương (+) hoặc giá trị gia tăng dương (+) không đủ bù trừ giá trị gia tăng âm (-) thì được kết chuyển để trừ vào giá trị gia tăng của kỳ sau trong năm. Kết thúc năm dương lịch, giá trị gia tăng âm (-) không được kết chuyển tiếp sang năm sau.
2. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng như sau:
a) Đối tượng áp dụng:
- Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế quy định tại khoản 3 Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC;
- Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC;
- Hộ, cá nhân kinh doanh;
- Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam không theo Luật Đầu tư và các tổ chức khác không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật, trừ các tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu khí.
- Tổ chức kinh tế khác không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã, trừ trường hợp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ. 
b) Tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu được quy định theo từng hoạt động như sau:
- Phân phối, cung cấp hàng hóa: 1%;
- Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;
- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%;
- Hoạt động kinh doanh khác: 2%.
c) Doanh thu để tính thuế GTGT là tổng số tiền bán hàng hóa, dịch vụ thực tế ghi trên hóa đơn bán hàng đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bao gồm các khoản phụ thu, phí thu thêm mà cơ sở kinh doanh được hưởng.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có doanh thu bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và doanh thu hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thì không áp dụng tỷ lệ (%) trên doanh thu đối với doanh thu này.
Ví dụ: Công ty TNHH A là doanh nghiệp kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp. Công ty TNHH A có doanh thu phát sinh từ hoạt động bán phần mềm máy tính và dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp thì Công ty TNHH A không phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ (%) trên doanh thu từ hoạt động bán phần mềm máy tính (do phần mềm máy tính thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT) và phải kê khai, nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 5% trên doanh thu từ dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp.
Cơ sở kinh doanh nhiều ngành nghề có mức tỷ lệ khác nhau phải khai thuế GTGT theo từng nhóm ngành nghề tương ứng với các mức tỷ lệ theo quy định; trường hợp người nộp thuế không xác định được doanh thu theo từng nhóm ngành nghề hoặc trong một hợp đồng kinh doanh trọn gói bao gồm các hoạt động tại nhiều nhóm tỷ lệ khác nhau mà không tách được thì sẽ áp dụng mức tỷ lệ cao nhất của nhóm ngành nghề mà cơ sở sản xuất, kinh doanh.
3. Đối với hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khoán, cơ quan thuế xác định doanh thu, thuế GTGT phải nộp theo tỷ lệ % trên doanh thu của hộ khoán theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều này căn cứ vào tài liệu, số liệu khai thuế của hộ khoán, cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, kết quả điều tra doanh thu thực tế và ý kiến của Hội đồng tư vấn thuế xã, phường.
Trường hợp hộ, cá nhân nộp thuế theo phương pháp khoán kinh doanh nhiều ngành nghề thì cơ quan thuế xác định số thuế phải nộp theo tỷ lệ của hoạt động kinh doanh chính.
4. Bảng danh mục ngành nghề tính thuế GTGT theo tỷ lệ % trên doanh thu hướng dẫn tại khoản 2, khoản 3 Điều này được ban hành kèm theo Thông tư 219/2013/TT-BTC.
5. Xác định số thuế GTGT phải nộp:
Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra - Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
Chi tiết hơn về cách tính thuế GTGT các bạn xem tại đây:
6. Kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ:
Chi tiết các bạn xem tại đây: Cách kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp
III. Đăng ký phương pháp kê khai tính thuế GTGT:
Theo công văn Số: 4253/TCT-CS của Tổng Cục Thuế ngày 20 tháng 9 năm 2017 V/v giới thiệu điểm mới tại Thông tư số 93/2017/TT-BTC ngày 19/9/2017 về phương pháp tính thuế thì:
1. Bỏ hướng dẫn nộp Mẫu 06/GTGT để đăng ký áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với cơ sở kinh doanh mới thành lập và cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng.
Trước đây:
Cơ sở kinh doanh mới thành lập và cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng phải gửi Mẫu 06/GTGT đến cơ quan thuế để đăng áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Trường hợp không gửi Mẫu 06/GTGT đến cơ quan thuế thì kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp.
2. Bỏ hướng dẫn nộp Mẫu 06/GTGT khi chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT.
Trước đây:
Khi chuyển đổi áp dụng các phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (từ phương pháp trực tiếp sang phương pháp khấu trừ và ngược lại) thì cơ sở kinh doanh phải nộp Mẫu 06/GTGT đến cơ quan thuế.
3. Bổ sung hướng dẫn Phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở kinh doanh xác định theo Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng hướng dẫn tại Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 1 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính).
Như vậy, kể từ ngày Thông tư số 93/2017/TT-BTC có hiệu lực (từ ngày 05/11/2017):
Việc xác định phương pháp tính thuế GTGT căn cứ theo Hồ sơ khai thuế GTGT do cơ sở kinh doanh gửi đến cơ quan thuế, cụ thể:
- Nếu cơ sở kinh doanh đăng ký áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì gửi Tờ khai thuế GTGT Mẫu số 01/GTGT, 02/GTGT đến cơ quan thuế.
- Nếu cơ sở kinh doanh đăng ký áp dụng phương pháp trực tiếp thì gửi Tờ khai thuế GTGT Mẫu số 03/GTGT, 04/GTGT đến cơ quan thuế.
=> Đây chính là cách đăng ký tự nguyện đối với doanh nghiệp mới thành lập hoặc doanh nghiệp đã và đang hoạt động có doanh thu hằng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng.
